U 2009. godini Carinska uprava nastavlja s provedbom projekata vezanih uz ostvarivanje interoperabilnosti i interkonektivnosti sa sustavima Europske unije i zemalja članica iz područja djelovanja Europske unije kao carinske unije. Najvećim dijelom projekti se financiraju iz pretpristupnih fondova Europske unije (PHARE 2005 i 2006 programi), a radi se o projektima "Međusobna povezanost sustava informacijske tehnologije s carinskim sustavima Europske unije" (PHARE 2005) te "Integracija hrvatskog carinskog informacijskog sustava s carinskim informacijskim sustavom Europske unije" (PHARE 2006).

Provedba PHARE 2005 projekta je započela u rujnu 2007. godine i trajat će do srpnja 2009. godine, a u sklopu ovog projekta razvijaju se sustavi informacijske interkonektivnosti (TARIC, NCTS, EMCS) neophodni da bi se omogućila razmjena informacija između Europske komisije i zemalja članica Europske unije neposredno po ulasku u Europsku uniju.

Provedba PHARE 2006 projekta započela je u prosincu 2008. godine i trajat će do kolovoza 2010. godine, a cilj projekta je nastavak razvoja carinskih sustava informacijske interkonektivnosti sa sustavima Europske unije, čiji je razvoj započeo kroz provedbu PHARE 2005 projekta. Projekt se sastoji se od sedam potprojekata koje čine: tri ugovora o razvoju softvera IT aplikacija (ITMS, EMCS faza 3, NCTS Gospodarski modul i Sustav kontrole izvoza (ECS)), tri twinning projekta čija je svrha pružanje potpore Carinskoj upravi u upravljanju projektima razvoja softvera te ugovor o uspostavi CCN/CSI sustava kroz nabavu opreme i pružanja tehničke pomoći.